주민참여예산위원회는 분과위원회를 구성하여 운영하며, 주민제안사업 심의, 전 예산과정에 대한 주민의견 수렴 및 의견 제시, 참여예산사업 추진과정 참여 및 모니터링 등의 분과위원회의 기능과 중‧장기 예산편성 및 대규모투자사업 예산에 대한 의견 제출, 주민들의 의견을 수렴하기 위한 현장방문, 공청회, 토론회 등의 개최, 군·구위원회 및 주민제안 사업을 분과위원회에 부의, 분과위원회의 의견 심의·조정 등의 기능을 수행한다.